當今現代離子色譜儀在環境監測中有著很重要的作用，它在主要在環境樣品的分析中很常見，也可以用于地面水，飲用水，雨水，生活污水和工業廢水，酸沉降物和大氣顆粒物等樣品中的陰，陽離子，和微電子工業有關的水和試劑中痕量雜質的分析，離子色譜儀應該也比較廣泛用于食品，藥品，疾控方面中，不過無論在什么領域中使用，平時的維護必然是必不可少的，不然容易減少儀器壽命還會造成機器故障的。

　　1.如果這個儀器的使用平率不高，就在不用的時候用超純水把流路中的鹽清洗干凈，防止電導池或管路堵塞，還要保持隔段時間就開機運行然后30分鐘后關機。

　　2.在常規樣品溶液進樣前，需用0.45um水系濾膜過濾，防止色譜柱和抑制器堵塞，有機物/金屬離子濃度樣品比較復雜，進樣前要用專門的前處理柱把樣品中的有機物或金屬離子去除。

　　3.如果管路有漏液的情況下，首先應該把抑制器電流關閉，禁止在沒有流速的情況下開抑制器電流，不然抑制器容易被燒壞。

　　4.配制淋洗液必須選用優級純度試劑，配好的淋洗液好用帶0.45um水系濾膜過濾后，在超聲20分鐘。

　　環境分析是離子色譜儀較重要的應用領域之一：可分為水，土壤和空氣分析，離子色譜在環境分析化學中應用的主要焦點是水中各種陰陽離子的定性和定量分析，離子色譜法還可用于分析天然鹵水中的離子，包括海水，地下鹵水，地熱鹵水和高鹽度地下水。

　　由于其大規模的工業用途和極強的毒性，環境中各種樣品中氰化物的測定非常重要，在迄今為止為氰化物和硫化物開發的所有分析方法中，必要的步是去除干擾物，使用離子色譜法，氰化物和硫化物可以同時分離和測量，多磷酸鹽因其螯合和分散特性而廣泛用于工業水處理應用，螯合劑如腈三乙酸(NTA)和乙二胺四乙酸(EDTA)也可以通過與聚膦酸鹽相同的方法快速測定，除了常見的無機陰離子和陽離子之外。

　　六價鉻是一種有毒形式的鉻，必須在制造廢物中對其進行監測，在柱后添加二苯卡巴肼的離子色譜法可能是可用于測定六價鉻的較具體和較靈敏的方法之一，通過消毒過程進行水處理被認為是20世紀一項重大的公共衛生成就，因此，水污染物的鑒別方法已經從微生物轉向化學。